Theo truyền thống, họ này xếp trong phân bộ Gobioidei của bộ Perciformes[2]. Tuy nhiên, khi phân bộ Cá bống được phục hồi thành bộ riêng thì họ này được chuyển sang để tạo thành một phần của bộ Gobiiformes[3].

Một số các kết quả nghiên cứu phát sinh chủng loài cho thấy Kraemeriidae cùng các họ như Microdesmidae, Ptereleotridae, Schindleriidae lồng sâu trong phân họ Gobiinae (bao gồm cả Benthophilinae) của họ Gobiidae nghĩa cũ. Do vậy chúng được hợp nhất với phân họ Gobiinae để tạo ra họ Gobiidae nghĩa mới[4].